Endonucleases que removem, de uma estrutura de
DNA denominada
DNA flap, as seqüências de
DNA 5'. A estrutura
DNA flap ocorre em
DNA de dupla fita, que apresenta uma fita quebrada. Nesta, a porção 5' da fita descendente é longa demais, superpondo-se à extremidade 3' da fita ascendente. As
endonucleases flap clivam a fita descendente da estrutura flap superposta, precisamente após o primeiro nucleotídeo com base pareada, criando um
corte ligável.